Só para elaborar a resposta de lg, o mysqldump é a melhor e mais segura maneira de fazer seus backups. Crie seu (s) arquivo (s) em lotes e execute-os através do Agendador de Tarefas.
Se você chegar ao ponto em que o processo de backup causa problemas devido a bloqueios de registros ou tabelas (dependendo do mecanismo de banco de dados em uso), é hora de configurar a replicação mestre / escravo. Isso pode até ser feito executando várias instâncias do MySQL na mesma máquina. Os backups são então retirados do escravo, o que permite que o mestre seja executado ininterruptamente.