_gaq.push(['_setDomainName', 'none']);
é bom para este cenário, enquanto
_gaq.push(['_setDomainName', 'customerA.oursite.com']);
seria o melhor.
É verdade que os filtros não podem ser aplicados depois que os dados foram coletados. Eles se aplicam apenas aos dados de público-alvo recebidos. A solução alternativa que você pode usar é definir um segmento avançado em 'hostname' correspondendo exatamente ao nome de cada cliente. Mas há um limite no número de AS que você pode criar para um login: 100 segmentos avançados.
E você precisará exportar de alguma forma (da API do GA, por exemplo) os dados de público para compartilhá-los com cada cliente: não há nenhuma regra de acesso por Segmento avançado, ela existe apenas por perfil.
Na verdade, eu recomendo que você permita que cada cliente defina seu próprio número de UA, gerencie a criação da conta, as configurações de acesso, as definições de meta e assim por diante. Você se encaixaria em muitas situações diferentes sem a confusão de casos específicos.
Por último, não ficaria surpreso que seus clientes solicitem ter um nome de domínio próprio ...
Isso responde à sua pergunta?