O problema acabou sendo com as atualizações do Windows que não foram instaladas corretamente. Uma vez que o servidor foi atualizado, tudo funcionou bem de novo;)
Alguém viu algum problema ao implantar um site .net 4.0 em uma máquina com servidor 2008 quando o pool de aplicativos do site está definido como 2.0? Nosso servidor de compilação empurrou o novo site 4.0 para o site antigo, no qual o pool de aplicativos estava definido como 2.0 em dois servidores. Não podemos mais executar tarefas administrativas em ambos os servidores, como abrir o IIS e atualizar o pool de aplicativos. Alguém viu esse comportamento e esperamos ter uma correção?
Observação: postagem publicada no link
O problema acabou sendo com as atualizações do Windows que não foram instaladas corretamente. Uma vez que o servidor foi atualizado, tudo funcionou bem de novo;)