O erro parece apontar bastante solidamente para um problema com uma seção da mídia do cartão CF. Se ele está funcionando há algum tempo sem problemas e agora está dando esses problemas, eu acho que o cartão começou a ficar ruim. A maneira mais fácil de testar é enviar uma tecnologia com um cartão de substituição e trocá-lo, especialmente se você estiver vendo isso em um número limitado de sistemas. Todas as mídias têm expectativa de vida e taxas de falha; quanto mais ciclos de leitura / gravação você tiver indo para os cartões, mais cedo eles morrerão.
Outra coisa a considerar: os erros de leitura estão próximos do (s) mesmo (s) ponto (s) de cada vez? Isso me diria que provavelmente é uma célula ruim também em uma parte específica do cartão.
Eu não sei se o fsck funcionaria da mesma maneira nesses cartões ou não. Minha primeira inclinação ao ver esse erro é substituí-lo.