Nessas condições, um chroot pode potencialmente causar mais danos do que benefícios.
Dependendo da quantidade de conteúdo dinâmico que está sendo gerado, você pode ter que copiar um grande número de bibliotecas e binários para o chroot. A menos que você também tenha uma maneira fácil e conveniente de manter o chroot atualizado, muito provavelmente, mais cedo ou mais tarde, terminará com um site bastante vulnerável.