Em sistemas baseados em RedHat (pelo menos) como o Fedora e o CentOS, você pode usar o comando edquota para editar as cotas definidas para um usuário individual ou um grupo.
Você terá que configurar o sistema de arquivos para suportar cotas e usar o comando quotacheck para configurar e criar os arquivos de quota (aquota.user e aquota.group), o que parece que você já tem se tiver quotas de usuários definidas, e então use edquota para realmente editar as cotas.
Veja este Documento RedHat para uma descrição mais aprofundada sobre como implementar cotas e aplicá-las a grupos e ver a página man do edquota aqui .