Eu não experimentei o problema exato que você relatou, mas tinha algo semelhante.
Você se certificou de que os aplicativos de 32 bits estão ativados para o pool de aplicativos que você está usando? Clique com o botão direito do mouse no Pool de aplicativos e selecione Propriedades avançadas. Isso deve dar a você a opção de ativar aplicativos de 32 bits.