Em /etc/init/rc-sysinit.conf altere
start on filesystem and net-device-up IFACE=lo
para
start on filesystem and net-device-up IFACE=eth0
Isto irá corrigir o seu 'runlevel' de ser desconhecido. Eu não posso explicar isso, mas eu tenho lutado com o mesmo problema. Encontrei a solução alternativa aqui: link
Como resultado, seus scripts de inicialização funcionarão novamente. Para mim, estava afetando o virtualbox-ose, o mysql e os cups.