Sua primeira coisa é fazer backup de todos os bancos de dados, ponto final. Especialmente se houver dependências de outros bancos de dados. Seus backups de banco de dados dependentes são inúteis se dependerem do estado de outros bancos de dados que não são armazenados em backup.
Dito isso, há várias maneiras de abordar o problema de estado descrito, dependendo do tipo de aplicativo suportado pelos bancos de dados. Sua estratégia de backup deve andar de mãos dadas com a arquitetura do seu aplicativo. Idealmente, sua arquitetura de aplicativos é projetada tendo em mente os backups.
Se o seu aplicativo for um sistema de entrada em tempo real (uma loja on-line, por exemplo), você se deparará com algo como restaurar todos os bancos de dados aplicáveis em um determinado momento.
Se o seu aplicativo for algo mais de um sistema de relatório calculado em que o estado do sistema é estável no ponto do último cálculo, talvez você consiga fazer apenas backups completos do banco de dados algum tempo após a conclusão dos cálculos. Você também precisará levar as entradas do usuário depois que os cálculos forem concluídos, talvez uma restauração a partir de um backup completo e, em seguida, rolando logs trans.
Estas são algumas ideias. Espero que eles possam ajudá-lo a encontrar uma solução.