Eu estou achando isso bastante confuso e um pouco de um olhar sobre o site da Shpinx não torna as coisas muito mais claras, mas, como eu o entendo, o Sphinx adiciona funcionalidade às bases de dados do MySQL, suportando MyISAM e InnoDB. A consulta de criação diz ao MySQL para criar uma tabela usando o mecanismo sphinx, que não é algo que o MySQL normalmente entende. Portanto, suspeito que a consulta esteja incorreta ou incompleta. Alternativamente, algum componente do Shpinx que deveria permitir que o MySQL reconheça o novo mecanismo de esfinge não está funcionando como deveria.