Eu tive o mesmo problema - a correção foi recompilar o ruby para 64 bits em vez de 32.
Você pode verificar qual arquitetura seu ruby usa assim:
> file 'which ruby'
/usr/local/bin/ruby: Mach-O 64-bit executable x86_64
Se ele reportar i386 ao invés de x86_64 - então você provavelmente terá o mesmo problema.
(antes de recompilar o meu era "executável Mach3 em i386")
Um pouco doloroso, porque depois disso você precisará recompilar / reinstalar quaisquer gemas com extensões nativas. Ainda não fiz isso, mas vi em algum lugar que você pode fazer isso "facilmente" usando sudo gem pristine --all