É específico do motor. Eu acho que o InnoDB suporta 2 bilhões de tabelas no tablespace. MyIsam não coloca nenhum limite no número de tabelas, você será limitado por coisas como os inodes no sistema de arquivos subjacente ou limites no sistema operacional.
Aqui está a referência link
Em um nível prático, eu esperaria que o desempenho de seu aplicativo fosse colapsado antes de você atingir os limites.