O comportamento que você vê é por design. Ao usar a consulta de idioma natural (NLQ), se o número total de documentos que contêm o termo for maior que 2 milhões, o peso será 0.
Isso é feito nas seguintes linhas de /storage/myisam/ft_nlq_search.c :
gweight=word->weight*GWS_IN_USE;
if (gweight < 0 || doc_cnt > 2000000)
gweight=0;
De acordo com a revisão 1346.322.1 este era um bugfix para evitar "estouro de árvore".