OK, a resposta foi em este post . O que deve ser feito é executar o seguinte comando:
gksudo gedit /usr/share/applications/sublime.desktop
encontre a linha exec
:
Exec = sublime
e adicione um "%f"
ao lado dele
Exec = sublime% f
Em qualquer caso, o sublime pode ser substituído pelo programa que você deseja adicionar à lista de aplicativos.