Faça as duas máquinas serem clientes NTP . Isso deve fazer com que seus relógios fiquem corretos dentro de um intervalo bastante curto, e já esteja desenvolvido, testado e disponível.
De acordo com a página da Wikipédia no NTP , você deve esperar cerca de 10 ms pela Internet, muito menos se tiver um servidor de horário local na sua LAN, o que deve ser muito fácil de configurar.