Aqui encontrei um documento comparando um servidor de banco de dados físico / virtual com o VMware vSphere 4 (versões mais recentes têm melhor desempenho) Desempenho e escalabilidade de Microsoft® SQL Server® no VMware vSphere ™ 4 Você vê que a diferença de desempenho está abaixo de 10% e, com versões mais recentes do vSphere, acho que está abaixo de 5%.
Tem certeza de que o uso da CPU é apenas o software do seu servidor db?