Acho que é porque as pessoas estão tão acostumadas a digitá-lo. Você pode fazer o que o twitter faz e redirecionar www.example.com - > example.com, eventualmente, treina as pessoas para não colocá-lo.
A única razão técnica que posso pensar é que você não pode ter CNAMEs para domínios raiz, portanto, se você estiver usando um CDN para hospedar seu site, geralmente você precisa acessá-lo de www ou de outro subdomínio.