No mundo Linux / Unix, a exclusão de arquivos não necessariamente libera imediatamente o espaço em disco, apenas desassocia o arquivo do sistema de arquivos.
Se houver processos com identificadores de arquivos abertos ao arquivo sendo removido (como é comum no daemon syslog e no caso do MySQL, que mysql-slow.log), o espaço não será liberado até que o processo de espera seja solicitado a reabrir o arquivo. alças de arquivo (HUP, sinal de desligamento) ou o processo é reiniciado.
Se você não souber qual processo está realmente mantendo o arquivo aberto, use lsof -n | grep filename
ou se quiser ver quais arquivos marcados como excluídos, mas ainda em uso, estão presentes no sistema, lsof -n | grep deleted