O FreeNAS e o OpenFiler são muito semelhantes em termos de funcionalidade ... Eu usei o FreeNAS para o suporte ao tamanho de bloco de 4KB em novos discos rígidos SATA maiores.
O mais barato "verde" 5900RPM 2TB discos e, provavelmente, os discos de 3TB emergentes, irão beneficiar de 4K suporte ao tamanho do bloco de uma forma perceptível, pelo que eu li. Eu não testei o desempenho potencial para as versões atuais do OpenFiler.
O novo FreeNAS 8 é um grande retrabalho, incluindo o FreeBSD 8 e uma interface de gerenciamento baseada no Django, mas o FreeNAS 7 ainda é bastante utilizável.
O OpenFiler é provavelmente mais conhecido, baseado em Linux e igualmente funcional para a maioria das finalidades.
Se você optar por uma distribuição de arquivadores no estilo de appliance, a diferença entre o FreeBSD e o Linux provavelmente não será notada por você, a menos que haja problemas de driver ou de suporte de hardware. Então, sua melhor aposta é ir com o que você estiver mais confortável gerenciando / apoiando.