Se for o Windows, ele deve ter proteção antivírus, independentemente de ser uma VM ou uma máquina física. Seus comentários sobre desempenho me dizem duas coisas.
- Você não tem recursos suficientes para executar corretamente todas as VMs no mesmo host.
- Você precisa otimizar suas configurações de verificação e / ou usar algo que não seja um recurso tão grande.
Eu também devo salientar que o seu comentário
We install virus scanners inside the VMs to protect them from users
é extremamente mal redigido ou você não entende o que é o software antivírus.