Usar uma função em vez de um alias evita a maioria desses problemas de cotação:
myfn() { ps -ef | awk '/tomcat/ {print $2}' | xargs kill -9; }
Se você estiver usando o awk, não precisa do grep.
Ou fique com uma função e evite quase todo o trabalho que você está fazendo:
alias myalias='pkill -9 -f tomcat'