Várias coisas podem ter corrido mal. Você poderia estar carregando a biblioteca compartilhada errada. O Apache poderia ser construído com uma biblioteca estática da versão mais antiga do PHP. Se você instalou o fedora com suporte a PHP / Apache fora da caixa, ele pode ter o binário php em um local não padrão.
Eu primeiro verificaria o httpd.conf para ver se ele é um módulo compartilhado, CGI ou biblioteca estaticamente. Se é um módulo compartilhado, você precisa reconstruir o PHP. Se for CGI, você só precisará alterar o diretório. Se for estaticamente construído, você precisará reconstruir o Apache.
Re: http://www.php.net/manual/en/install.unix.apache.php