Hmm.
1) O RAID5 pode não ser a melhor aposta para um banco de dados. Você pode tentar espelhamento + striping para redundância e pequeno desempenho de arquivos.
2) Você poderia estar afundando algo diferente das unidades com os SSDs, quando a mídia rotacional se afunilaria na unidade. Esse gargalo pode estar resultando na diferença de desempenho. Por exemplo. gargalos de rede podem afetar as coisas mais estranhas, especialmente quando você adiciona NFS ou algo parecido. Se você estiver usando a placa RAID, talvez ela apenas seja quebrada.
3) Você pode querer verificar o agendador de I / O, para ter certeza de que eles combinam entre as duas máquinas, já que elas podem afetar o desempenho.
4) O sistema de banco de dados SSD está realizando consultas ao banco de dados no mesmo nível do sistema de mídia rotacional, ou melhor, ou pior?
5) Para ter uma boa ideia de onde o gargalo está acontecendo, você pode tentar dstat
ou iostat