Existem muitos idiomas de plataforma cruzada que funcionam para tarefas administrativas do sistema. Perl, Python e Ruby são todas opções válidas.
Mas essas linguagens não poderão traduzir automaticamente de forma mágica as coisas que só fazem sentido no Linux para o equivalente mais próximo do Windows. Definir permissões é diferente no Windows vs Linux. Você terá que detectar o sistema operacional e chamar as funções corretas apropriadas para esse sistema.
Which language to choose for this tasks?
Escolha uma linguagem multiplataforma com a qual você já esteja familiarizado. Se você não tem muita familiaridade com nenhum deles, escolha um que pareça legal.
Como você está desenvolvendo aplicativos PHP, você pode sempre instalar o PHP CLI em todos os lugares. Desde que você já está usando PHP você está familiarizado com isso. Enquanto muitos podem argumentar que o PHP é uma porcaria, você certamente pode fazer as coisas com ele, e você já o está usando.