Você não pode fazer o que está tentando fazer com o Active Directory dessa maneira. O que você pode fazer (em termos muito amplos) é:
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Configure sua nova VM do Windows Server 2008 R2 em outra máquina, configurando-a para usar sua instância existente do Windows Server 2003 como seu servidor DNS
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Junte-se à instância do Windows Server 2008 R2 ao domínio existente do Active Directory e promova-o para ser um Controlador de Domínio
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Transfira as funções FSMO do W2K3 DC existente para o novo DC W2K8R2
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Rebaixar o DC do W2K3 de um DC para um servidor membro e separá-lo do domínio
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Limpe o computador físico que estava executando o W2K3, instale o W2K8R2 Hyper-V
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Migre a VM DC W2K8R2 para o computador Hyper-V W2K8R2
Não há outra maneira de fazer o que você está procurando de uma maneira "suportada" (ou, de qualquer maneira, de qualquer maneira que eu pense que preservaria o ambiente do AD existente).