Normalmente
apache2ctl restart
faz uma reinicialização completa (desligue e inicie novamente) ou
apache2ctl graceful
faz uma "reinicialização normal" que aguarda que quaisquer conexões existentes sejam fechadas antes de reiniciar. Mas isso pode depender de qual sistema operacional você está usando. No meu (Gentoo Linux) o caminho preferido é
/etc/init.d/apache2 restart
ou
/etc/init.d/apache2 reload
por exemplo.