O SQL Server 2000 e 2005 Workgroup e Standard (32 bits, não tenho certeza sobre 64 bits) usarão apenas um máximo de 2 GB de memória, portanto, com duas instâncias, você poderá usar os 4 GB completos. Isso seria verdade mesmo se você estiver executando o SQL Standard de 32 bits no x64 Windows, mais de fato, já que você deseja uma instância por 2 GB de memória.
Em princípio, usar uma única instância com dois bancos de dados é mais rápido do que duas instâncias com um banco de dados cada, embora eu não esteja convencido de que seja uma grande diferença. Ter instâncias separadas pode ser útil para o gerenciamento. Por exemplo, se você usar logins SQL e houver conjuntos diferentes de logins para bancos de dados diferentes, o uso de instâncias separadas pode facilitar o controle de logins.
Então a resposta para sua pergunta é "Depende": -)
JR
Comentário de Re Spence: O SQL Server Standard no Windows de 32 bits pode usar no máximo 2 GB de memória. O SQL Server Enterprise pode usar 3 GB se você usar a opção / 3GB. No Windows 2003 Enterprise com AWE, até pelo menos 16 GB de memória podem ser usados (possivelmente mais) para que você possa obter um melhor valor da memória executando mais de uma instância do SQL Server.
Eu tenho medo que a resposta ainda seja "depende". Se você tiver muita memória, ou seja, 8 GB ou 16 GB, então você deseja colocar os maiores bancos de dados em instâncias separadas para que eles possam ter 2 GB (ou 3 GB com / 3 GB) cada. Se você tiver apenas 4 GB, provavelmente usaria uma única instância e a opção / 3GB como a pequena quantidade de memória extra usada por ter duas instâncias não valeria a sobrecarga.
Como outros comentaram abaixo, pode haver outras considerações. Se você fizer referência a dois bancos de dados ao mesmo tempo, por exemplo em uma consulta de seleção ou se você inserir de um banco de dados em outro, você os deseja na mesma instância para velocidade.