Sim, se você tentar instalar a imagem de 64 bits, deverá dar a opção de sobrescrever a de 32 bits. Se a memória me serve corretamente, é muito amigável e você é presenteado com a opção de manter o Windows e substituir a instalação do Ubuntu. Mas se não, você pode simplesmente escolher a partição linux para sobrescrever.
Pessoalmente, eu evitaria recuperar todo o PC se você puder ajudar. Isso soa como uma coisa "nuclear" de última instância a ser feita se você estragar de alguma forma e explodir completamente a partição do Windows.