Um domínio e floresta devem estar bem, com ativos de organizações separadas divididos em unidades organizacionais separadas. Você pode optar por separar os controladores de domínio entre locais físicos, dependendo de seus recursos de WAN. Dito isto, independentemente disso, você simplesmente deve ter 2 controladores de domínio, pelo menos em seu domínio, não tendo nenhuma redundância para sua AD é suicídio.