O FreeBSD 7/8/9 e o Linux 2.6 são basicamente iguais em sua capacidade de rede pronta para uso. Eu vi benchmarks onde um supera o outro, e eles parecem ir e voltar. Eu recomendaria usar a plataforma com a qual você está mais familiarizado, pois você provavelmente será capaz de ajustá-la melhor.