Depende da estrutura da sua organização. Para muitas lojas, um único repositório é bom. Costumávamos usar um único repositório e agora estamos mudando para vários repositórios.
Um motivo para dividir isso é por causa das permissões. Se nem todos puderem estar em todos os projetos, você poderá conceder aos usuários acesso apenas aos que eles precisam.
Para nós, era apenas uma questão de tornar as coisas um pouco mais fáceis de lidar do lado do cliente. Uma vez que eles estão configurados, eles estão configurados. Um esforço extra para dividi-los para nós valeu a facilidade de uso do lado do cliente.
Às vezes, as pessoas também usam repositórios diferentes para diferentes tipos de projetos. Código fonte em um para o desenvolvimento, documentação do produto em outro para os escritores técnicos, etc.