mysqldump é o aplicativo oficialmente suportado para despejar bancos de dados MySQL. Se você está recebendo um código SQL defeituoso, então você deve trazer isso à atenção dos desenvolvedores, aumentando os tickets.
Eu usei mysqldump por muitos anos e nunca tive problemas com isso. Cada vez que produzia uma saída que diferia das minhas expectativas, eu cometi um erro. Talvez você deva levantar o problema específico que você tem em dba.stackexchange.com?