Você está perdendo os temas na sua pasta OWA. A localização padrão deve ser:
C:\Program Files\Microsoft\Exchange Server\V14\ClientAccess\Owa\Current\themes
Há 29 temas instalados por padrão, sendo um deles "base". Reinstalar o Exchange pode estar em ordem. Como Chris disse acima, a instalação do SP1 também ajudará se você ainda não o fez.