Forneça seu script por meio de "dados do usuário" durante o processo de inicialização e ele será executado na primeira inicialização. Se você estiver usando o awscli, use a opção --user-data
"
$ aws ec2 run-instances --image-id ami-xxxxxxxx --count 1 --instance-type m1.small --key-name foo-key --security-group-ids sg-xxxxxxxx --subnet-id subnet-xxxxxxxx --placement AvailabilityZone=us-west-2a --user-data file://path/to/script
Se você estiver usando a GUI, o campo de dados do usuário ficará oculto na seção "Avançado" na parte inferior da etapa 3 da caixa de diálogo de lançamento: