Um certificado só será válido para os nomes para os quais foi emitido. Mas, um certificado pode conter vários nomes. No seu caso, você pode obter um certificado que contenha subdomain.example.com e subdomain2.subdomain.com ou talvez tenha apenas *.subdmain.example.com . Este último corresponderia ao seu subdomínio2. Não que um curinga corresponda apenas a um único marcador e que apenas um curinga à esquerda seja possível, ou seja, *.*.example.com não é possível e *.example.com corresponderá a subdomain.example.com , mas não subdomain2.subdomain.example.com ou example.com .