Você não precisa copiar todo o conteúdo da unidade USB. Basta copiar o arquivo casper-rw para o computador como backup.
casper-rw é o nome do arquivo em que o Live USB armazena informações persistentes.
Da próxima vez que você precisar criar uma unidade USB com as mesmas configurações e aplicativos, crie um USB ativo usando o uNetbootin ou qualquer outro programa e copie a cópia de casper-rw do backup para ele.