Parece que você já pensou em tudo.
Simplesmente desativá-los fará com que o AD fique irritado com você, no máximo, e poderá desacelerar algumas operações em casos extremos. Nada deve quebrar.
O único perigo (e não está claro nas informações disponíveis se é um perigo real) eu vejo aqui que sua plataforma de virtualização pode ter dependências em seu AD (→ DCs virtualizados). Isso vai te machucar hard depois que sua plataforma de virtualização for desativada por qualquer motivo; desde que há uma dependência circular.
Nesse caso, você deve separar os dois, deixar um ou mais DC físicos ou planejar muito bem para fazer manutenção ou como se recuperar de um desastre.