Não me lembro de nenhuma configuração necessária em um servidor necessário após a instalação dos frameworks .NET (há 7 deles agora BTW). Dito isso, um aplicativo é direcionado a uma estrutura específica e não a uma versão específica do VS. É possível que eles usaram o VS2010 e tenham como alvo o framework 2.0, etc.
Quando você implanta os aplicativos, talvez seja necessário informar ao IIS qual versão do .NET framework deve ser usada, pois, se bem me lembro, é sempre o padrão da versão 2 do .NET.
MAS Teste, teste, teste antes de enviar isso para o servidor de produção e pergunte ao desenvolvedor se você precisa instalar uma estrutura posterior para esse aplicativo!
Editado para adicionar @TomTom (abaixo nos comentários) está correto também, quando você implanta o aplicativo (s) você pode definir a versão do .NET para usar, por aplicativo / aplicativo pool . Mas como eu mencionei acima, você pode perguntar ao desenvolvedor qual versão eles segmentaram porque é bem possível que eles tenham como alvo a versão 2.0 e ainda usem o VS2010.
TL; DR: Eu tive todas as versões do .NET sendo executadas lado a lado, mas TESTE em seu ambiente.