Se as camadas inferiores forem todas redundantes e devidamente cuidadas, as únicas considerações na escolha de um sistema de arquivos são a velocidade e a confiabilidade do sistema de arquivos abstrato (já que podemos presumir que nada quebra fisicamente com tal redundância nas camadas inferiores).
Para esses requisitos, o bom e velho ext3 ainda ganha (apenas com journaling de metadados) - XFS é indicado como não sendo bom em falhas de sistema operacional, e ext4 também não está maduro o suficiente para esses taks - tive volumes ext4 exibindo erros críticos em FS o passado, sem razão lógica para eles.
Dito isso, de onde vem a exigência de "milhões de arquivos por diretório"?
O email é armazenado como mbox ou maildir (ou, mais recentemente, dbox); nenhum deles requer milhões de arquivos por diretório - longe disso, na verdade: os maildirs possuem uma pasta de caixa de correio lógica por diretório, e eu não conheço ninguém que tenha mais de um milhar de arquivos por pasta.
mbox é um arquivo enorme por caixa de correio, período e simplesmente não é adequado para o armazenamento de e-mail de hoje.
O dbox, o novo garoto no bloco, deve superar o mbox e os maildirs na maioria dos casos, mas, novamente, não armazena "milhões de arquivos" em um único diretório.