Algumas ideias:
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Incompatibilidade de duplex. Eu suponho que você tenha o servidor e as portas de switch definidas para negociação automática. Verifique se o autoneg está funcionando corretamente e se eles estão concordando com 100 / full duplex. Se eles não estão concordando adequadamente, então é provável que um volte para o half duplex. Normalmente é melhor praticar apenas deixar todas as portas configuradas para negociação automática, mas se isso não funcionar, talvez seja necessário forçá-las a 100 / total.
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Interruptor de baixa qualidade. Que tipo de interruptor é esse? É possível que seja um switch barato para consumidor e que seu backplane realmente só é capaz de passar 10Mbit.