O gerenciamento de pacotes é sempre o melhor caminho a seguir, simplesmente porque permite lidar com uma única entidade modular. Os pacotes tornam a instalação e atualização de servidores consideravelmente mais fácil. Ele permite que você raciocine sobre seus servidores mais facilmente; Você sabe qual versão de um determinado software está instalada. Você pode ter certeza de que está executando o mesmo binário em vários servidores diferentes.
Eu recomendo que você aprenda a gerar pacotes RPM para qualquer parte do software que você instalar. Pode atrasar você inicialmente, mas você colherá as recompensas mais tarde.