Suponha que os arquivos estejam na pasta ~/myfiles
. Você pode executar este loop em um terminal (copiar e colar):
for pdffile in ~/myfiles/*.pdf ; do evince "$pdffile" ; done
Para pular para o próximo arquivo, basta pressionar Ctrl + W na janela Evince (para fechá-lo e abrir o próximo arquivo).
FWIW, não tenho certeza de como isso seria útil, considerando que você precisa ver "milhares" de arquivos ...