Embora isso possa levá-lo a um escorregadio declive da remoção de dependências, você deve verificar quais pacotes requerem que o httpd seja instalado.
# rpm -q --whatrequires httpd
Se você pode remover os pacotes do que você poderia ter sua resposta, se você não pode remover o apache devido a dependências e você absolutamente deve executar a versão mais recente do que eu sugiro desligar a versão rpm do httpd e pará-lo de iniciar na inicialização.
# service httpd stop
# chkconfig httpd off
Sugiro que você instale sua versão compilada personalizada e execute-a em outro diretório para configuração / binários. Se você seguir essa rota, também seria prudente copiar o script init padrão, modificar os caminhos e adicioná-lo como um nome diferente.
# chkconfig --add httpd-custom
# chkconfig httpd-custom on
Tenha em mente que se você estiver usando o suporte Redhat, eles não o ajudarão com a versão compilada personalizada do httpd, e eles realmente não o suportarão se você mexesse com os binários originais.