Desde quando?
Se isso é algo que sempre foi o caso no Ubuntu, pode ser que você tenha um recurso de limitação de uso ativado em seu BIOS. Nosso laptop Samsung faz isso e só obtemos 80% da bateria (mas tem durado 3 anos sem muita queda no desempenho geral).
Se a capacidade estiver caindo lentamente, pode ser que esteja perdendo capacidade. Isso ainda acontece com baterias; eles têm uma vida útil em que eles se tornam menos eficientes em manter a carga.
E há a possibilidade de haver um bug no software que está lendo a carga máxima e a carga atual. Você pode olhar para os números mais cruciais com:
less /proc/acpi/battery/BAT0/state
Se eles não se correlacionarem com o que você sabe sobre a bateria (ela deve ter sua capacidade impressa na bateria - talvez seja necessário retirá-la para ver), esse pode ser o seu problema.