Pode haver vários motivos para desativar um ou outro. Minha casa e meu escritório têm endereços IPv6 estáveis, mas sempre mudam os endereços IPv4. Portanto, o firewall do IPv6 é muito mais fácil e seguro e, portanto, eu fecho o IPv4.
Quando eu preciso fazer manutenção, eu ou ssh de uma rede conhecida ou eu abro uma VPN e obtenho endereços IPv6 que são permitidos através do firewall.
Tudo depende do seu ambiente, mas isso é o que funciona para mim:)