Isso depende do sistema de arquivos em uso, mas geralmente os sistemas de arquivos têm um desempenho pior quando estão sem inodes livres ou espaço livre (espaço livre < 10-15%) ou ambos.
Muitos sistemas de arquivos também ficarão lentos quando um único diretório contiver muitos (100.000s ou milhões) de arquivos ou subdiretórios, mas novamente se e por quanto depende do sistema de arquivos e quais operações de IO.