Existe uma maneira de conseguir isso em uma base por diretório. Você encontra opiniões contraditórias na Web, mas eu consegui fazê-lo funcionar.
Primeiro, você deve organizar para ter suas diferentes versões do PHP prontas para serem executadas como extensões CGI ou fastCGI. Eu uso fastCGI no exemplo abaixo
Você precisará configurar dois arquivos php.ini separados (e sim, mantê-los em sincronia onde for importante pode ser um problema, mas a alternativa é ter apenas um arquivo php.ini para 2 versões diferentes de PHP e amp isso é impossível ou cheio de lacunas)
Coloque esses arquivos php.ini no diretório do seu código PHP, módulos, etc. um para cada versão. É aí que o PHP irá procurá-los primeiro, sem a variável de ambiente PHPRC. Você deve não definir a variável PHPRC, a menos que você descubra como torná-la diferente para dois stubs de fastCGI diferentes, não consegui: a diretiva Apache FcgidInitialEnv funciona somente globalmente, não em um diretório por base, e as FcgidCmdOptions que é suposto não funciona de todo.
Então, tudo que você precisa fazer é adicionar o seguinte código no seu arquivo httpd.conf:
#
# start PHP as FastCGId
#
LoadModule fcgid_module modules/mod_fcgid.so
#
# PHP 7.0 is the default
# PHP 5.2 is the legacy
#
<Files ~ "\.php$>"
AddHandler fcgid-script .php
FcgidWrapper "c:/WebServers/PHP-7.0.5/php-cgi.exe" .php
</Files>
#
# Keep PHP 5.2 for legacy Drupal sites
#
<DirectoryMatch "Puitscarre|Royale$">
<Files ~ "\.php$>"
AddHandler fcgid-script .php
FcgidWrapper "c:/WebServers/PHP-5.2.39/php-cgi.exe" .php
</Files>
</DirectoryMatch>
Funciona perfeitamente no meu ambiente: Windows 7, Apache 2.2. E, a propósito, o código que está no ambiente Directory acima também funciona se você colocá-lo no arquivo .htaccess dos diretórios que precisam de uma versão específica ou legada do PHP
Aproveite!