A ferramenta de implantação do SCCM efetivamente copia arquivos e depois (opcionalmente, se me lembro corretamente) executa uma linha de comando de sua escolha.
A linha de comando não precisa ser um dos arquivos copiados e não precisa ser um programa de instalação. Se copiar os arquivos no lugar é tudo que você precisa fazer, então o SCCM pode cuidar disso 'como está'.
Se você precisar executar praticamente qualquer wrapper de instalação de sua escolha, poderá fazê-lo, desde que possa ser executado silenciosamente.
A implantação de software do SCCM é realmente muito simples - ele apenas permite que você construa coisas complexas repetindo variações em 'copiar este grupo de arquivos' e 'executar esse programa / script' até ficar satisfeito.
Por exemplo, você pode criar uma sequência de tarefas que executa dois pacotes do instalador, um para instalar o pacote do installutil e, em seguida, outro pacote para o que você está tentando implementar. No entanto, como diz Hopeless Noob, eu concordaria em usar o pacote MSI onde eu pudesse, a menos que um pacote fosse simples o suficiente para implantar sem recorrer a isso.