Eu sugiro que você use o mysql 5.5 do IUS em vez de webtatic. Com ele, você também pode obter yum-plugin-replace , que permitirá que você faça yum replace mysql --replace-with=mysql55
e ele será descobrir as dependências e instalar o novo pacote. Isso evitaria a remoção do php53-mysql (que você precisa se tiver algum código PHP que interaja com o MySQL).