Você poderia implementar o SharePoint - Foundation é a edição gratuita para o Server 2008 x64, o Windows SharePoint Services 3.0 funcionaria no Server 2003. Você também pode comprar o SP Server; você pediu possibilidades, mas não menciona seu orçamento.
Você pode exigir o check-in / check-out e implementar o acompanhamento de versões em determinados documentos ou sites.
Editar - parece que você não está realmente procurando pelos termos certos. Um sistema de arquivos de versões pode fazer o que você está pedindo. As cópias de sombra do VSS estão na lista, mas não são automáticas, conforme discutido. O Netware costumava fazer isso automaticamente, assim como o VMS, mas esses não são o Windows Server. Você poderia configurar o Subversion e o WebDAV, mas se você for fazer isso, você pode também configurar o SharePoint Services e permanecer dentro do MS & Domínio do Windows inteiramente.
Existem muitos sistemas de controle de versão gratuitos e comerciais (não sistemas de arquivos), mas eles tendem a ser complexos e direcionados a desenvolvedores de software. Se o check-in / check-out for muito avançado para seus usuários, você provavelmente não desejará nada disso e apenas desejará que ele seja incluído no sistema de arquivos ou o mais próximo possível.